A nova estrutura orgánica do IMETRO atende às recentes actualizações da legislação do ensino superior, com alteração do modelo Universitário para o modelo de Instituto Superior.
Direcção Geral (DG)
Direcção Geral Adjunta para o Ensino e Extensão (DAEx)
Direcção Geral Adjunta para a Pós-Graduação e Investigação Científica
Coordenação Administrativa (CADM)
Coordenação Académica (CAC)
Departamento de Ciências Tecnológicas e Engenharia (DTEC)
Departamento de Ciências Económicas e Gestão (DCEG)
Departamento de Ciências Humanas, Educação e Artes (DCH)